Efes’te yapılan ilk kazılarla ortaya çıkarılan eserler, İzmir, İstanbul, Viyana ve Londra müzelerine götürülmüş ve buralarda sergilenmektedir. 1929 yılında ilk olarak Selçuk’ta bir depo oluşturulmuş ve kazılardan çıkarılan eserler buraya getirilmiştir. 1964 yılında müzenin bugünkü güney bölümü, 1976 yılında da kuzey bölümü inşa edilerek genişletilmiştir. Müze, Arkeoloji ve Etnografya (arasta) olmak üzere iki ana bölümden oluşmaktadır. Günümüzde eser sayısı 60.000’i geçmiştir.